AT2G33270.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : atypical CYS HIS rich thioredoxin 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the thioredoxin family protein. Located in the chloroplast. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
atypical CYS HIS rich thioredoxin 3 (ACHT3); FUNCTIONS IN: protein binding; INVOLVED IN: cell redox homeostasis; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thioredoxin fold (InterPro:IPR012335), Thioredoxin, core (InterPro:IPR015467), Thioredoxin-like (InterPro:IPR017936), Thioredoxin domain (InterPro:IPR013766), Thioredoxin-like fold (InterPro:IPR012336); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: atypical CYS HIS rich thioredoxin 4 (TAIR:AT1G08570.2); Has 2991 Blast hits to 2904 proteins in 568 species: Archae - 19; Bacteria - 487; Metazoa - 929; Fungi - 413; Plants - 623; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 517 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:14103681..14105204 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30681.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 273 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATDSFIKLN PISFNRARFD LRDFAGISPK SISSLCCISP RLISCNHFSP RTLISGENGN ILFSKKKIPA FVRCQTSLGI GRNQKWWEKE LKPNMKSVTS 101: PQDLVVSLRN AGDKLVVVDF FSPSCGGCKA LHPKICKIAE KNPEVEFLQV NYEEHRSLCQ SLNIHVLPFF RFYRGSSGRV CSFSCTNATI RKFKEALEKH 201: GREQCSIGET KGLEEKELVA MAANKDLSFD YKPTSCGNIQ EQKKKEIFLP KSPTFNKQKE VEHSLLLVSP APA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)