AT2G37620.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : actin 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of the actin gene family. Expressed in mature pollen. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
actin 1 (ACT1); FUNCTIONS IN: structural constituent of cytoskeleton; INVOLVED IN: cytoskeleton organization, root hair elongation, developmental growth; LOCATED IN: cell wall, cytoskeleton, plasma membrane; EXPRESSED IN: ovule, vascular bundle, male gametophyte, cultured cell, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Actin, conserved site (InterPro:IPR004001), Actin/actin-like (InterPro:IPR004000), Actin/actin-like conserved site (InterPro:IPR020902); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: actin 3 (TAIR:AT3G53750.1); Has 15230 Blast hits to 14806 proteins in 3046 species: Archae - 8; Bacteria - 15; Metazoa - 5741; Fungi - 5229; Plants - 1611; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 2624 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:15779761..15781241 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41800.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 377 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADGEDIQPL VCDNGTGMVK AGFAGDDAPR AVFPSIVGRP RHTGVMVGMG QKDAYVGDEA QSKRGILTLK YPIEHGIVNN WDDMEKIWHH TFYNELRVAP 101: EEHPILLTEA PLNPKANREK MTQIMFETFN APAMYVAIQA VLSLYASGRT TGIVLDSGDG VSHTVPIYEG YALPHAILRL DLAGRDLTDA LMKILTERGY 201: SFTTTAEREI VRDIKEKLCY IALDYEQELE TAKTSSSVEK NYELPDGQVI TIGSERFRCP EVLYQPSMIG MENAGIHETT YNSIMKCDVD IRKDLYGNIV 301: LSGGTTMFPG IADRMSKEIT ALAPSSMKIK VVAPPERKYS VWIGGSILAS LSTFQQMWIA KAEYDESGPS IVHRKCF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)