AT2G39770.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Glucose-1-phosphate adenylyltransferase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a GDP-mannose pyrophosphorylase/ mannose-1-pyrophosphatase. This enzyme provides GDP-mannose, which is used for cell wall carbohydrate biosynthesis and protein glycosylation as well as for ascorbate (vitamin C) biosynthesis. Mutations in this gene confer hypersensitivity to NH4+. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CYTOKINESIS DEFECTIVE 1 (CYT1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Trimeric LpxA-like (InterPro:IPR011004), Bacterial transferase hexapeptide repeat (InterPro:IPR001451), Nucleotidyl transferase (InterPro:IPR005835); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase family protein (TAIR:AT3G55590.1); Has 29262 Blast hits to 29252 proteins in 3030 species: Archae - 1046; Bacteria - 20499; Metazoa - 437; Fungi - 382; Plants - 510; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6388 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16589401..16590741 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39579.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 361 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKALILVGGF GTRLRPLTLS FPKPLVDFAN KPMILHQIEA LKAVGVDEVV LAINYQPEVM LNFLKDFETK LEIKITCSQE TEPLGTAGPL ALARDKLLDG 101: SGEPFFVLNS DVISEYPLKE MLEFHKSHGG EASIMVTKVD EPSKYGVVVM EESTGRVEKF VEKPKLYVGN KINAGIYLLN PSVLDKIELR PTSIEKETFP 201: KIAAAQGLYA MVLPGFWMDI GQPRDYITGL RLYLDSLRKK SPAKLTSGPH IVGNVLVDET ATIGEGCLIG PDVAIGPGCI VESGVRLSRC TVMRGVRIKK 301: HACISSSIIG WHSTVGQWAR IENMTILGED VHVSDEIYSN GGVVLPHKEI KSNILKPEIV M |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)