AT5G61780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TUDOR-SN protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Involved in the regulation of AtGA20ox3 expression, as well as seed germination. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TUDOR-SN protein 2 (Tudor2); FUNCTIONS IN: RNA binding, nuclease activity, nucleic acid binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion, protein secretion, gibberellin biosynthetic process, seed germination, response to stress; LOCATED IN: cytosol, nuclear envelope, endoplasmic reticulum; EXPRESSED IN: 29 plant structures; EXPRESSED DURING: 17 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Staphylococcal nuclease (SNase-like) (InterPro:IPR006021), RNA-induced silencing complex, nuclease component Tudor-SN (InterPro:IPR016685), Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold (InterPro:IPR016071), Tudor subgroup (InterPro:IPR018351), Tudor domain (InterPro:IPR002999), Maternal tudor protein (InterPro:IPR008191); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TUDOR-SN protein 1 (TAIR:AT5G07350.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:24822012..24826641 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 107748.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 985 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATGAATENQ WLKGRVKAVT SGDCLVITAL THNRAGPPPE KTITLSSLMA PKMARRGGID EPFAWESREF LRKLCIGKEV AFKVDYKVEA IAGREFGSVY 101: LGNENLAKLV VQNGWAKVRR PGQQNQDKVS PYIAELEQLE EQAQQEGFGR WSKVPGAAEA SIRNLPPSAV GDSGNFDAMG LLAASKGKPM EGIVEQVRDG 201: STIRVYLLPE FQFVQVFVAG LQAPSMGRRQ STQEAVVDPD VTATSNGDAS AETRGPLTTA QRLAASAASS VEVSSDPFAM EAKYFTELRV LNRDVRIVLE 301: GVDKFNNLIG SVYYSDGDTV KDLGLELVEN GLAKYVEWSA NMLDEEAKKK LKATELQCKK NRVKMWANYV PPASNSKAIH DQNFTGKVVE VVSGDCLVVA 401: DDSIPFGSPM AERRVCLSSI RSPKMGNPRR EEKPAPYARE AKEFLRQKLI GMEVIVQMEY SRKISPGDGV TTSGAGDRVM DFGSVFLPSP TKGDTAVAAA 501: ATPGANIAEL IISRGLGTVV RHRDFEERSN HYDALLAAEA RAIAGKKNIH SAKDSPALHI ADLTVASAKK AKDFLPSLQR INQISAVVEY VLSGHRFKLY 601: IPKESCSIAF AFSGVRCPGR GEPYSEEAIA LMRRKIMQRD VEIVVENVDR TGTFLGSMWE KNSKTNAGTY LLEAGLAKMQ TGFGADRIPE AHILEMAERS 701: AKNQKLKIWE NYVEGEEVVN GSSKVETRQK ETLKVVVTEV LGGGRFYVQT VGDQKVASIQ NQLAALSLKD APIIGSFNPK KGDIVLAQFS LDNSWNRAMI 801: VNGPRGAVQS PEEEFEVFYI DYGNQEIVPY SAIRPVDPSV SSAPGLAQLC RLAYIKVPGK EEDFGRDAGE YLHTVTLESG KEFRAVVEER DTSGGKVKGQ 901: GTGTELVVTL IAVDDEISVN AAMLQEGIAR MEKRRRWEPK DKQAALDALE KFQDEARKSR TGIWEYGDIQ SDDEDNVPVR KPGRG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)