AT2G17360.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental)  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? What is ASURE? SUBAcon computations |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein S4 (RPS4A) family protein | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein S4 (RPS4A) family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, plasma membrane, chloroplast; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S4e, central (InterPro:IPR013845), Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site (InterPro:IPR018199), KOW (InterPro:IPR005824), RNA-binding S4 (InterPro:IPR002942), Ribosomal protein S4e, N-terminal (InterPro:IPR013843), Ribosomal protein S4e (InterPro:IPR000876); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein S4 (RPS4A) family protein (TAIR:AT5G07090.1); Has 1386 Blast hits to 1386 proteins in 444 species: Archae - 258; Bacteria - 2; Metazoa - 428; Fungi - 183; Plants - 271; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 244 (source: NCBI BLink). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:7546598..7548138 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29804.60 Da | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.85 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 261 amino acids | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARGLKKHLK RLNAPKHWML DKLGGAFAPK PSSGPHKSRE CLPLVLIIRN RLKYALTYRE VISILMQRHI QVDGKVRTDK TYPAGFMDVV SIPKTNENFR 101: LLYDTKGRFR LHSIKDEEAK FKLCKVRSIQ FGQKGIPYLN TYDGRTIRYP DPLIKPNDTI KLDLEENKIV EFIKFDVGNV VMVTGGRNRG RVGVIKNREK 201: HKGSFETIHI QDSTGHEFAT RLGNVYTIGK GTKPWVSLPK GKGIKLTIIE EARKRLSAQQ A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)