AT1G51460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ABC-2 type transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ABC-2 type transporter family protein; FUNCTIONS IN: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC-2 type transporter (InterPro:IPR013525), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ABC-2 type transporter family protein (TAIR:AT3G21090.1); Has 379847 Blast hits to 348933 proteins in 4101 species: Archae - 6887; Bacteria - 304547; Metazoa - 7636; Fungi - 6582; Plants - 5428; Viruses - 18; Other Eukaryotes - 48749 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:19077132..19081335 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 75224.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 678 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTTPEGAMYV AWEDLTVVIP NFGEGATKRL LNGVNGCGEP NRILAIMGPS GSGKSTLLDA LAGRLAGNVV MSGKVLVNGK KRRLDFGAAA YVTQEDVLLG 101: TLTVRESISY SAHLRLPSKL TREEISDIVE ATITDMGLEE CSDRTIGNWH LRGISGGEKK RLSIALEVLT KPSLLFLDEP TSGLDSASAF FVVQILRNIA 201: SSGKTVVSSI HQPSGEVFAL FDDLLLLSGG ETVYFGEAES ATKFFGEAGF PCPSRRNPSD HFLRCVNSDF DNVTAALVES RRINDSSFSL HQLHETTNTL 301: DPLDDIPTAE IRTTLVRKFK CSLYAAASRA RIQEIASIVG IVTERKKGSQ TNWWKQLRIL TQRSFINMSR DLGYYWMRIA VYIVLSICVG SIFFNVGRNH 401: TNVMSTAACG GFMAGFMTFM SIGGFQSFIE EMKVFSRERL NGHYGVAVYT VSNLLSSLPF IILMCLSTSS ITIYMVRFQS GGSHFFYNCL DLICAITTVE 501: SCMMMIASVV PNFLMGVMLG AGYIGIMVLS AGFFRFFPDL PMVFWRYPVS YINYGAWALQ GAYKNEMIGV EYDSPLPLVP KMKGELILQT VLGINPESSK 601: WLDLAVVMMI LIGYRIAFFA ILKFREKVFP VIHMLYTKRT LSHIQKRPSF RRMTPFPSRR YPVHHALSSQ EGLNSPLH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)