AT1G06100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.970 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Fatty acid desaturase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Fatty acid desaturase family protein; FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water; INVOLVED IN: oxidation reduction, lipid metabolic process; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Fatty acid desaturase, type 1, core (InterPro:IPR015876), Fatty acid desaturase, type 1 (InterPro:IPR005804); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Fatty acid desaturase family protein (TAIR:AT1G06090.1); Has 3412 Blast hits to 3412 proteins in 822 species: Archae - 0; Bacteria - 1532; Metazoa - 796; Fungi - 236; Plants - 106; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 738 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1851530..1853019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35357.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 299 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSETTKDDGS SQKKSVRKEK RAYVLRKWTQ FDVGRASTVG TVHLLCLLAP FNYKWEAFRF GIILAILTNL CITFSYHRNL THRSFKLPKW LEYPFAYSAL 101: LALQGDPLDW VSIHRFHHQF TDSDRDPHSP IEGFWFSHVL WIFDTDYIRE KCGRRNNVMD LKQQWFYRFL KKTLVLHILA FWTLIYLWGG LPYLTWTVGF 201: GGVIGYHGTW LVNSACHICG SQAWQTNDTS RNVWWLALLT MGESWHNNHH AFETSARHGL EWYQLDITWY LIWFFQALGL ATNVKLPTDA QKRKMAIRR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)