AT3G03770.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.996 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Leucine-rich repeat protein kinase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Leucine-rich repeat protein kinase family protein; FUNCTIONS IN: protein serine/threonine kinase activity, protein kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: transmembrane receptor protein tyrosine kinase signaling pathway, protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Leucine-rich repeat protein kinase family protein (TAIR:AT5G14210.1); Has 99971 Blast hits to 58260 proteins in 1687 species: Archae - 62; Bacteria - 4595; Metazoa - 21933; Fungi - 2176; Plants - 63736; Viruses - 96; Other Eukaryotes - 7373 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:945303..948436 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 88191.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 802 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEKLYCGMPL LLLVLLLASI DGSTQLQSSQ SQTLLRLQQL LYYPKVLNSW NNYTDFCNSE PSPSLTVVCY EDSVTQLHII GDNGTHMLPK SFSINSFVTT 101: LVKLPDVKVL TFVSLGLWGW LPQKINRLSS LEILNVSSNF LFGPIPHELS SLATLQTLIL DENMFSGELP DWIDSLPSLA VLSLRKNVLN GSLPSSLSSL 201: SGLRVLALAN NRFNGALPDL SHLTNLQVLD LEGNSFGPLF PRLSNKLVTL ILSKNKFRSA VSAEEVSSLY QLQHLDLSYN TFVGPFPTSL MSLPAITYLN 301: ISHNKLTGRL SANLSCNSQL MFVDMSSNLL TGSLPTCLKP SSGTSRDVVY ASNCLATTNE DQRPVSFCSN EALAVGILPQ RRNKVSKVGI ALGVTASILG 401: VLLLAGALFV VLRRLNAKKT VTKSSPRLIR ENASMGYTSK LLSDARYISQ TMKLGGLGLP AYRTFSLEEL EYATNNFESS AFMGEGSQGQ IYRGRLKDGS 501: FVAIRCLKMK KSCSTQNLMH HIELIAKLRH RHLVSVLGHC FECYLDDSTV SRMFFVFEYV PNGELRTWIS DGHMGRLLTW EQRISVAIGV AKGIQFLHTG 601: IVPGVYDNNL KMTDILLDNN LAAKLSSYNL PLLVEGLGKV GQVGSRSGPK GTPSIKDEDK IDIYDFGVIL LELIVGRPLR AKSQVDVLKE QLQASISADD 701: GARRSMVDPT VHRACSDQSL KTMMEICVRC LLKDPLERPS IEDVLWNLQF ASQVQEGWLQ NSNPSSNLGS PSPAASSLPP PSRLHVTTLE SPRDSGCEEH 801: ER |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)