AT2G13790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : somatic embryogenesis receptor-like kinase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
somatic embryogenesis receptor-like kinase 4 (SERK4); FUNCTIONS IN: protein kinase activity, transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: rosette leaf, cauline leaf, fruit, root, flower; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Leucine-rich repeat-containing N-terminal domain, type 2 (InterPro:IPR013210), Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: somatic embryogenesis receptor-like kinase 5 (TAIR:AT2G13800.1); Has 172318 Blast hits to 120437 proteins in 4454 species: Archae - 129; Bacteria - 14524; Metazoa - 44355; Fungi - 9158; Plants - 84468; Viruses - 411; Other Eukaryotes - 19273 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:5741979..5746581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68639.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 620 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTSSKMEQRS LLCFLYLLLL FNFTLRVAGN AEGDALTQLK NSLSSGDPAN NVLQSWDATL VTPCTWFHVT CNPENKVTRV DLGNAKLSGK LVPELGQLLN 101: LQYLELYSNN ITGEIPEELG DLVELVSLDL YANSISGPIP SSLGKLGKLR FLRLNNNSLS GEIPMTLTSV QLQVLDISNN RLSGDIPVNG SFSLFTPISF 201: ANNSLTDLPE PPPTSTSPTP PPPSGGQMTA AIAGGVAAGA ALLFAVPAIA FAWWLRRKPQ DHFFDVPAEE DPEVHLGQLK RFTLRELLVA TDNFSNKNVL 301: GRGGFGKVYK GRLADGNLVA VKRLKEERTK GGELQFQTEV EMISMAVHRN LLRLRGFCMT PTERLLVYPY MANGSVASCL RERPEGNPAL DWPKRKHIAL 401: GSARGLAYLH DHCDQKIIHR DVKAANILLD EEFEAVVGDF GLAKLMNYND SHVTTAVRGT IGHIAPEYLS TGKSSEKTDV FGYGVMLLEL ITGQKAFDLA 501: RLANDDDIML LDWVKEVLKE KKLESLVDAE LEGKYVETEV EQLIQMALLC TQSSAMERPK MSEVVRMLEG DGLAERWEEW QKEEMPIHDF NYQAYPHAGT 601: DWLIPYSNSL IENDYPSGPR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)