AT5G16000.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NSP-interacting kinase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
NSP-interacting kinase (NIK1), receptor-like kinase, involved in defense response against geminivirus It acts as a virulence target of the begomovirus nuclear shuttle protein (NSP). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NSP-interacting kinase 1 (NIK1); FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Leucine-rich repeat-containing N-terminal domain, type 2 (InterPro:IPR013210), Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NSP-interacting kinase 2 (TAIR:AT3G25560.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:5224264..5227003 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 70550.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 638 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESTIVMMMM ITRSFFCFLG FLCLLCSSVH GLLSPKGVNF EVQALMDIKA SLHDPHGVLD NWDRDAVDPC SWTMVTCSSE NFVIGLGTPS QNLSGTLSPS 101: ITNLTNLRIV LLQNNNIKGK IPAEIGRLTR LETLDLSDNF FHGEIPFSVG YLQSLQYLRL NNNSLSGVFP LSLSNMTQLA FLDLSYNNLS GPVPRFAAKT 201: FSIVGNPLIC PTGTEPDCNG TTLIPMSMNL NQTGVPLYAG GSRNHKMAIA VGSSVGTVSL IFIAVGLFLW WRQRHNQNTF FDVKDGNHHE EVSLGNLRRF 301: GFRELQIATN NFSSKNLLGK GGYGNVYKGI LGDSTVVAVK RLKDGGALGG EIQFQTEVEM ISLAVHRNLL RLYGFCITQT EKLLVYPYMS NGSVASRMKA 401: KPVLDWSIRK RIAIGAARGL VYLHEQCDPK IIHRDVKAAN ILLDDYCEAV VGDFGLAKLL DHQDSHVTTA VRGTVGHIAP EYLSTGQSSE KTDVFGFGIL 501: LLELVTGQRA FEFGKAANQK GVMLDWVKKI HQEKKLELLV DKELLKKKSY DEIELDEMVR VALLCTQYLP GHRPKMSEVV RMLEGDGLAE KWEASQRSDS 601: VSKCSNRINE LMSSSDRYSD LTDDSSLLVQ AMELSGPR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)