AT1G69270.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : receptor-like protein kinase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
RPK1 is a leucine-rich receptor-like kinase located in the plasma membrane which is upregulated by abscisic acid, dehydration, high salt, low temperature, but not by other plant hormones. RPK1 knock-out and antisense plants show an ABA-insensitive phenotype. RPK1 plays a role in ABA-controlled cell proliferation and is a regulator of the ABA signal transduction pathway. Overexpression of the LRR domain has a dominant negative effect on RPK1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
receptor-like protein kinase 1 (RPK1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Leucine-rich repeat-containing N-terminal domain, type 2 (InterPro:IPR013210), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: receptor-like protein kinase 2 (TAIR:AT3G02130.1); Has 135462 Blast hits to 127527 proteins in 4655 species: Archae - 122; Bacteria - 14490; Metazoa - 45605; Fungi - 10969; Plants - 44066; Viruses - 629; Other Eukaryotes - 19581 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:26040877..26042499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59745.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 540 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKLLGLVFLL FNLFMFSFSR KLLTESGGGL HDEAALLKLK SSFLDPNGVL SSWVSDSSSN HCSWYGVSCN SDSRVVSLIL RGCDELEGSG VLHLPDLSSC 101: SSSKRRLGGV ISPVVGDLSE IRVLSLSFND LRGEIPKEIW GLEKLEILDL KGNNFIGGIR VVDNVVLRKL MSFEDEDEIG PSSADDDSPG KSGLYPIEIA 201: SIVSASVIVF VLLVLVILFI YTRKWKRNSQ VQVDEIKEIK VFVDIGIPLT YEIIVRATGY FSNSNCIGHG GFGSTYKAEV SPTNVFAVKR LSVGRFQGDQ 301: QFHAEISALE MVRHPNLVML IGYHASETEM FLIYNYLSGG NLQDFIKERS KAAIEWKVLH KIALDVARAL SYLHEQCSPK VLHRDIKPSN ILLDNNYNAY 401: LSDFGLSKLL GTSQSHVTTG VAGTFGYVAP EYAMTCRVSE KADVYSYGIV LLELISDKRA LDPSFSSHEN GFNIVSWAHM MLSQGKAKEV FTTGLWETGP 501: PDDLVEVLHL ALKCTVDSLS IRPTMKQAVR LLKRIQPSRL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)