AT4G26540.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase family protein; FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: inflorescence meristem; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Leucine-rich repeat-containing N-terminal domain, type 2 (InterPro:IPR013210), Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein (TAIR:AT5G56040.2); Has 218237 Blast hits to 120439 proteins in 3896 species: Archae - 151; Bacteria - 20470; Metazoa - 64079; Fungi - 7848; Plants - 101542; Viruses - 308; Other Eukaryotes - 23839 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:13394673..13398028 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 119536.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1091 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MPPNIYRLSF FSSLLCFFFI PCFSLDQQGQ ALLSWKSQLN ISGDAFSSWH VADTSPCNWV GVKCNRRGEV SEIQLKGMDL QGSLPVTSLR SLKSLTSLTL 0101: SSLNLTGVIP KEIGDFTELE LLDLSDNSLS GDIPVEIFRL KKLKTLSLNT NNLEGHIPME IGNLSGLVEL MLFDNKLSGE IPRSIGELKN LQVLRAGGNK 0201: NLRGELPWEI GNCENLVMLG LAETSLSGKL PASIGNLKRV QTIAIYTSLL SGPIPDEIGY CTELQNLYLY QNSISGSIPT TIGGLKKLQS LLLWQNNLVG 0301: KIPTELGNCP ELWLIDFSEN LLTGTIPRSF GKLENLQELQ LSVNQISGTI PEELTNCTKL THLEIDNNLI TGEIPSLMSN LRSLTMFFAW QNKLTGNIPQ 0401: SLSQCRELQA IDLSYNSLSG SIPKEIFGLR NLTKLLLLSN DLSGFIPPDI GNCTNLYRLR LNGNRLAGSI PSEIGNLKNL NFVDISENRL VGSIPPAISG 0501: CESLEFLDLH TNSLSGSLLG TTLPKSLKFI DFSDNALSST LPPGIGLLTE LTKLNLAKNR LSGEIPREIS TCRSLQLLNL GENDFSGEIP DELGQIPSLA 0601: ISLNLSCNRF VGEIPSRFSD LKNLGVLDVS HNQLTGNLNV LTDLQNLVSL NISYNDFSGD LPNTPFFRRL PLSDLASNRG LYISNAISTR PDPTTRNSSV 0701: VRLTILILVV VTAVLVLMAV YTLVRARAAG KQLLGEEIDS WEVTLYQKLD FSIDDIVKNL TSANVIGTGS SGVVYRITIP SGESLAVKKM WSKEESGAFN 0801: SEIKTLGSIR HRNIVRLLGW CSNRNLKLLF YDYLPNGSLS SRLHGAGKGG CVDWEARYDV VLGVAHALAY LHHDCLPTII HGDVKAMNVL LGPHFEPYLA 0901: DFGLARTISG YPNTGIDLAK PTNRPPMAGS YGYMAPEHAS MQRITEKSDV YSYGVVLLEV LTGKHPLDPD LPGGAHLVKW VRDHLAEKKD PSRLLDPRLD 1001: GRTDSIMHEM LQTLAVAFLC VSNKANERPL MKDVVAMLTE IRHIDVGRSE TEKIKAGGCG SKEPQQFMSN EKIINSHGSS NCSFAFSDDS V |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)