AT5G20480.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : EF-TU receptor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a predicted leucine-rich repeat receptor kinase (LRR-RLK). Functions as the receptor for bacterial PAMP (pathogen associated molecular patterns) EF-Tu. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EF-TU receptor (EFR); FUNCTIONS IN: protein serine/threonine kinase activity, transmembrane receptor protein kinase activity, kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: in 7 processes; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Leucine-rich repeat-containing N-terminal domain, type 2 (InterPro:IPR013210), Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Leucine-rich repeat protein kinase family protein (TAIR:AT3G47090.1); Has 211073 Blast hits to 132033 proteins in 4602 species: Archae - 167; Bacteria - 19808; Metazoa - 69159; Fungi - 9873; Plants - 87247; Viruses - 333; Other Eukaryotes - 24486 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:6922497..6925679 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 113359.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1031 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MKLSFSLVFN ALTLLLQVCI FAQARFSNET DMQALLEFKS QVSENNKREV LASWNHSSPF CNWIGVTCGR RRERVISLNL GGFKLTGVIS PSIGNLSFLR 0101: LLNLADNSFG STIPQKVGRL FRLQYLNMSY NLLEGRIPSS LSNCSRLSTV DLSSNHLGHG VPSELGSLSK LAILDLSKNN LTGNFPASLG NLTSLQKLDF 0201: AYNQMRGEIP DEVARLTQMV FFQIALNSFS GGFPPALYNI SSLESLSLAD NSFSGNLRAD FGYLLPNLRR LLLGTNQFTG AIPKTLANIS SLERFDISSN 0301: YLSGSIPLSF GKLRNLWWLG IRNNSLGNNS SSGLEFIGAV ANCTQLEYLD VGYNRLGGEL PASIANLSTT LTSLFLGQNL ISGTIPHDIG NLVSLQELSL 0401: ETNMLSGELP VSFGKLLNLQ VVDLYSNAIS GEIPSYFGNM TRLQKLHLNS NSFHGRIPQS LGRCRYLLDL WMDTNRLNGT IPQEILQIPS LAYIDLSNNF 0501: LTGHFPEEVG KLELLVGLGA SYNKLSGKMP QAIGGCLSME FLFMQGNSFD GAIPDISRLV SLKNVDFSNN NLSGRIPRYL ASLPSLRNLN LSMNKFEGRV 0601: PTTGVFRNAT AVSVFGNTNI CGGVREMQLK PCIVQASPRK RKPLSVRKKV VSGICIGIAS LLLIIIVASL CWFMKRKKKN NASDGNPSDS TTLGMFHEKV 0701: SYEELHSATS RFSSTNLIGS GNFGNVFKGL LGPENKLVAV KVLNLLKHGA TKSFMAECET FKGIRHRNLV KLITVCSSLD SEGNDFRALV YEFMPKGSLD 0801: MWLQLEDLER VNDHSRSLTP AEKLNIAIDV ASALEYLHVH CHDPVAHCDI KPSNILLDDD LTAHVSDFGL AQLLYKYDRE SFLNQFSSAG VRGTIGYAAP 0901: EYGMGGQPSI QGDVYSFGIL LLEMFSGKKP TDESFAGDYN LHSYTKSILS GCTSSGGSNA IDEGLRLVLQ VGIKCSEEYP RDRMRTDEAV RELISIRSKF 1001: FSSKTTITES PRDAPQSSPQ EWMLNTDMHT M |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)