AT3G60720.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : plasmodesmata-located protein 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a plasmodesmal protein that may be involved in the intercellular movement of molecules through the plasmodesmata. The protein has two DUF26 domains and a single transmembrane domain. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
plasmodesmata-located protein 8 (PDLP8); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF26 (InterPro:IPR002902); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: plasmodesmata-located protein 6 (TAIR:AT2G01660.1); Has 1563 Blast hits to 1343 proteins in 28 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 4; Fungi - 0; Plants - 1557; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:22442035..22443608 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30529.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 279 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRRLFLFSLL FLFFYSSSSS RSSSESHIFI YGGCSPEKYT PNTPFESNRD TFLSSVVTSS SDASFNSFAV GNDSSSSSSS SAVFGLYQCR DDLRSSDCSK 101: CIQTSVDQIT LICPYSYGAS LQLEGCFLRY ETNDFLGKPD TSLRYKKCSS KSVENDYDFF KRRDDVLSDL ESTQLGYKVS RSGLVEGYAQ CVGDLSPSDC 201: TACLAESVGK LKNLCGSAVA AEVYLAQCYA RYWGSGYYDF SSDPTNGDHV GKSIAIIVGV IAGFAILVVL LSLCRNSMH |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)