AT3G62560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.980 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ras-related small GTP-binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ras-related small GTP-binding family protein; FUNCTIONS IN: GTP binding; INVOLVED IN: intracellular protein transport; LOCATED IN: endomembrane system, intracellular; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Small GTPase SAR1-type (InterPro:IPR006687), ARF/SAR superfamily (InterPro:IPR006689); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: secretion-associated RAS super family 2 (TAIR:AT4G02080.1); Has 6828 Blast hits to 6826 proteins in 379 species: Archae - 2; Bacteria - 48; Metazoa - 3250; Fungi - 1258; Plants - 1101; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1169 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:23137539..23138880 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21940.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 193 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFLVDWFYGV LATLGLWQKE AKILFLGLDN AGKTTLLHML KDERLVQHQP TQHPTSEELS IGKIKFKAFD LGGHQIARRV WKDYYAKVDA VVYLVDAYDK 101: ERFAESKKEL DALLSDESLA NVPFLILGNK IDIPYAASED ELRYHLGLTS FTTGKGKVNL AGTNVRPLEV FMCSIVRKMG YGEGFKWVSQ YID |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)