AT3G15580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ubiquitin-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes APG8, a component of autophagy conjugation pathway. Delivered to the lumens of vacuole under nitrogen-starvation condition. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AUTOPHAGY 8H (APG8H); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Light chain 3 (LC3) (InterPro:IPR004241); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ubiquitin-like superfamily protein (TAIR:AT3G06420.1); Has 1501 Blast hits to 1499 proteins in 273 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 719; Fungi - 178; Plants - 302; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 299 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:5274075..5275000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 13252.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 115 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKSFKEQYTL DERLAESREI IAKYPTRIPV IAEKYCKTDL PAIEKKKFLV PRDMSVGQFI YILSARLHLS PGKALFVFVN NTLPQTAALM DSVYESYKDD 101: DGFVYMCYSS EKTFG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)