AT1G57870.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.814 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : shaggy-like kinase 42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
shaggy-like kinase 42 (SK42); FUNCTIONS IN: protein serine/threonine kinase activity, protein kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: response to salt stress, hyperosmotic response; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: shaggy-like protein kinase 41 (TAIR:AT1G09840.6); Has 104123 Blast hits to 103018 proteins in 3860 species: Archae - 88; Bacteria - 10212; Metazoa - 38684; Fungi - 11634; Plants - 25207; Viruses - 381; Other Eukaryotes - 17917 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:21431358..21434877 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47837.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 420 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESHLGNGVG SSRSAKNTKN TSSSVDWLSR DMLEMKIRDK TEADEERDSE PDIIDGVGAE PGHVITTTLP GRNGQSRQTV SYIAEHVVGT GSFGMVFQAK 101: CRETGEVVAI KKVLQDKRYK NRELQIMQML DHPNVVCLKH SFYSRTENEE VYLNLVLEFV PETVNRTARS YSRMNQLMPL IYVKLYTYQI CRGLAYLHNC 201: CGLCHRDIKP QNLLVNPHTH QLKICDFGSA KVLVKGEPNI SYICSRYYRA PELIFGATEY TTAIDIWSTG CVMAELLLGQ PLFPGESGVD QLVEIIKVLG 301: TPTREEIKCM NPNYTEFKFP QIKPHPWHKV FQKRLPPEAV DLLCRFFQYS PNLRCTAVEA CIHPFFDELR DPNARLPNGR PLPPLFNFKP QELSGIPPET 401: VDRLVPEHAR KQNHFMALHS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)