AT2G04040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : MATE efflux family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
AtDTX1 (At2g04040) has been identified as a detoxifying efflux carrier for plant-derived antibiotics and other toxic compounds, including CD2+. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TX1; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: MATE family transporter related protein (InterPro:IPR015521), Multi antimicrobial extrusion protein MatE (InterPro:IPR002528); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: MATE efflux family protein (TAIR:AT2G04080.1); Has 9657 Blast hits to 9581 proteins in 1940 species: Archae - 182; Bacteria - 6693; Metazoa - 146; Fungi - 326; Plants - 1322; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 988 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:1334614..1336480 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51847.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 476 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEPFLLRDE LLVPSQVTWH TNPLTVELKR VSRLAAPMAT VTIAQYLLPV ISVMVAGHNG ELQLSGVALA NSFTNVTGFS IMCGLVGALE TLCGQAYGAK 101: QYEKIGTYAY SAIASNIPIC FLISILWLYI EKILISLGQD PEISRIAGSY AFWLIPALFG QAIVIPLSRF LLTQGLVIPL LFTAVTTLLF HVLVCWTLVF 201: LFGLGCNGPA MATSVSFWFY AVILSCYVRF SSSCEKTRGF VSRDFVSSIK QFFQYGIPSA AMICLEWWLF EILILCSGLL PNPKLETSVL SICLTIETLH 301: YVISAGVAAA VSTRVSNNLG AGNPQVARVS VLAGLCLWIV ESAFFSILLF TCRNIIGYAF SNSKEVLDYV ADLTPLLCLS FILDGFTAVL NGVARGSGWQ 401: HIGAWNNTVS YYLVGAPVGI YLAFSRELNG KGLWCGVVVG STVQATILAI VTASINWKEQ AEKARKRIVS TENRLA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)