AT1G03950.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : vacuolar protein sorting-associated protein 2.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
vacuolar protein sorting-associated protein 2.3 (VPS2.3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Snf7 (InterPro:IPR005024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SNF7 family protein (TAIR:AT5G44560.1); Has 1693 Blast hits to 1691 proteins in 237 species: Archae - 2; Bacteria - 12; Metazoa - 754; Fungi - 334; Plants - 366; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 225 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:1011388..1013212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23027.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 210 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNIFTKKPNP REVLRESKRE MTQATRGIEK EIGSLQSEEK KLVLEIKRTA KSGNEGATKI LARQLIRLRQ QIANLQGSRA QMRGIATHTQ AMHAHTSVAA 101: GMQGATKAMA AMSKNMDPAK QAKVMREFQK QSAQMDMTTE MMSDSIDDAL DNDEAEDETE DLTNQVLDEI GIDIASQLSS APKGKIGGKK AEDVGSSGID 201: ELEKRLAALR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)