AT5G43450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.984 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a protein whose sequence is similar to ACC oxidase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein (TAIR:AT5G43440.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:17457321..17458714 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40877.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 362 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTENSEKIDR LNDLTTFIST KTGVKGLVDA EITEVPSMFH VPSSILSNNR PSDISGLNLT VPIIDLGDRN TSSRNVVISK IKDAAENWGF FQVINHDVPL 101: TVLEEIKESV RRFHEQDPVV KNQYLPTDNN KRFVYNNDFD LYHSSPLNWR DSFTCYIAPD PPNPEEIPLA CRSAVIEYTK HVMELGAVLF QLLSEALGLD 201: SETLKRIDCL KGLFMLCHYY PPCPQPDLTL GISKHTDNSF LTLLLQDQIG GLQVLHEDYW VDVPPVPGAL VVNIGDFMQL ITNDKFLSVE HRVRPNKDRP 301: RISVACFFSS SLSPNSTVYG PIKDLLSDEN PAKYKDITIP EYTAGFLASI FDEKSYLTNY MI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)