AT2G26900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Sodium Bile acid symporter family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Sodium Bile acid symporter family; FUNCTIONS IN: transporter activity, bile acid:sodium symporter activity; INVOLVED IN: sodium ion transport, organic anion transport; LOCATED IN: membrane, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Bile acid:sodium symporter (InterPro:IPR002657), Bile acid transporter (InterPro:IPR004710); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Sodium Bile acid symporter family (TAIR:AT1G78560.1); Has 5023 Blast hits to 5015 proteins in 1109 species: Archae - 92; Bacteria - 2706; Metazoa - 448; Fungi - 4; Plants - 268; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1505 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:11475156..11477870 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43610.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 409 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASISRILPT DGRLSQCRIN TSWVPSTTRT QTHLDFPKLV SVSNSGISLR IQNSKPISPV FALEATSSRR VVCKAAAGVS GDLPESTPKE LSQYEKIIEL 101: LTTLFPLWVI LGTLVGIFKP SLVTWLETDL FTLGLGFLML SMGLTLTFED FRRCLRNPWT VGVGFLAQYM IKPILGFLIA MTLKLSAPLA TGLILVSCCP 201: GGQASNVATY ISKGNVALSV LMTTCSTIGA IIMTPLLTKL LAGQLVPVDA AGLALSTFQV VLVPTIIGVL ANEFFPKFTS KIITVTPLIG VILTTLLCAS 301: PIGQVADVLK TQGAQLILPV ALLHAAAFAI GYWISKFSFG ESTSRTISIE CGMQSSALGF LLAQKHFTNP LVAVPSAVSV VCMALGGSGL AVFWRNLPIP 401: ADDKDDFKE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)