AT5G05200.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein kinase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Protein kinase superfamily protein; LOCATED IN: chloroplast, plastoglobule; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ABC-1 (InterPro:IPR004147), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein kinase superfamily protein (TAIR:AT4G31390.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:1544206..1547082 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60317.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 540 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVSAFRGTR LPLFHHSQFP VARTVSGTSK KMIGARNFKG FVLTAQYSQT QDLFTSRLQS QIEKLPKLVE DIVQTSINTG PRGVTRLVQG VQAFVGVGGE 101: WLNDLSKSTS ASGGLPSELQ LGLLSPLYLR KLFERMGATY IKLGQFIASA PTLFPPEYVK EFQNCFDKAP PVPFEEIRKI LQEELGRPIE SVYEYVDPTP 201: IASASIAQVH GARLRGSQED VVIKVLKPGI EDFLVADLNF IYVVSRIFEF LSPEFSRTSL VGIVKDIRES MLEEVDFNKE AQNIESFKRY LETMGLTGQA 301: TAPRVYKYCS SRRVLTMERL YGVPLTDLDS IRSLVSSPEN SLITALNVWF GSLLACESFH ADVHAGNLWL LRDGRIGFLD FGIVGRISPK TWAAMEVFLA 401: SIATEEYESM ASALIQMGAT NRDVDGKAFA KDLEKMFSSI QELDTEIVVA TARGTNSDTT AVAANVVMDE RQMNALFLDL VRVSESYGLK FPREFALLLK 501: QLLYFDRYTR LLAPNLNMLQ DQRISIASNK RTNGYKDSFN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)