AT2G19580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tetraspanin2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of TETRASPANIN family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tetraspanin2 (TET2); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: aging; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetraspanin (InterPro:IPR018499), Tetraspanin, subgroup (InterPro:IPR000301); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetraspanin family protein (TAIR:AT5G46700.1); Has 515 Blast hits to 513 proteins in 42 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 84; Fungi - 0; Plants - 420; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 11 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:8472393..8475021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30130.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 270 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALANNLTAI LNLLALLCSI PITASGIWLA SKPDNECVNL LRWPVVVLGV LILVVSATGF IGAYKYKETL LAVYLCCMAI LIGLLLVVLI FAFVVTRPDG 101: SYRVPGRGYK EYRLEGFSNW LKENVVDSKN WGRLRACLAD TNVCPKLNQE FITADQFFSS SKITPLQSGC CKPPTACGYN FVNPTLWLNP TNMAADADCY 201: LWSNDQSQLC YNCNSCKAGL LGNLRKEWRK ANLILIITVV VLIWVYVIAC SAFRNAQTED LFRKYKQGWV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)