AT2G04890.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SCARECROW-like 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a scarecrow-like protein (SCL21). Member of GRAS gene family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SCARECROW-like 21 (SCL21); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor GRAS (InterPro:IPR005202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GRAS family transcription factor (TAIR:AT5G48150.2); Has 2478 Blast hits to 2441 proteins in 302 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 2474; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:1720575..1721816 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46470.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 413 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDNVRGSIML QPLPEIAESI DDAICHELSM WPDDAKDLLL IVEAISRGDL KLVLVACAKA VSENNLLMAR WCMGELRGMV SISGEPIQRL GAYMLEGLVA 101: RLAASGSSIY KSLQSREPES YEFLSYVYVL HEVCPYFKFG YMSANGAIAE AMKDEERIHI IDFQIGQGSQ WIALIQAFAA RPGGAPNIRI TGVGDGSVLV 201: TVKKRLEKLA KKFDVPFRFN AVSRPSCEVE VENLDVRDGE ALGVNFAYML HHLPDESVSM ENHRDRLLRM VKSLSPKVVT LVEQECNTNT SPFLPRFLET 301: LSYYTAMFES IDVMLPRNHK ERINIEQHCM ARDVVNIIAC EGAERIERHE LLGKWKSRFS MAGFEPYPLS SIISATIRAL LRDYSNGYAI EERDGALYLG 401: WMDRILVSSC AWK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)