AT3G21175.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ZIM-like 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of a novel family of plant-specific GATA-type transcription factors. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ZIM-like 1 (ZML1); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, NHR/GATA-type (InterPro:IPR013088), Tify (InterPro:IPR010399), CCT domain (InterPro:IPR010402), Zinc finger, GATA-type (InterPro:IPR000679); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ZIM-LIKE 2 (TAIR:AT1G51600.2); Has 2137 Blast hits to 2132 proteins in 202 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 496; Plants - 1587; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 54 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:7422832..7424598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32884.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 297 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDDLHGRNGR MHIGVAQNPM HVQYEDHGLH HIDNENSMMD DHADGGMDEG VETDIPSHPG NSADNRGEVV DRGIENGDQL TLSFQGQVYV FDRVSPEKVQ 101: AVLLLLGGRE VPHTLPTTLG SPHQNNRVLG LSGTPQRLSV PQRLASLLRF REKRKGRNFD KTIRYTVRKE VALRMQRKKG QFTSAKSSND DSGSTGSDWG 201: SNQSWAVEGT ETQKPEVLCR HCGTSEKSTP MMRRGPDGPR TLCNACGLMW ANKGTLRDLS KVPPPQTPQH LSLNKNEDAN LEADQMMEVT GDISNTQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)