AT5G11270.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : overexpressor of cationic peroxidase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a homeodomain transcription factor involved in mediating resistance to infection by necrotrophic pathogens dependent on perception of jasmonic acid through COI1. Expressed in the nucleus. Downregulated upon fungal infection. Also involved in drought tolerance. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
overexpressor of cationic peroxidase 3 (OCP3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homeobox (InterPro:IPR001356), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); Has 8011 Blast hits to 5672 proteins in 519 species: Archae - 20; Bacteria - 1678; Metazoa - 1663; Fungi - 1459; Plants - 650; Viruses - 160; Other Eukaryotes - 2381 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:3595557..3597076 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39113.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 354 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIKAMALSSA GVVSHLHPPS FSSSSGLSVN RVLFRNRNAS PCGLSLPILN PSRSVLVFAR GKNRKGFVSS SSSSPKKNKK KSLDGADNGG GEEEEDPFEA 101: LFNLLEEDLK NDNSDDEEIS EEELEALADE LARALGVGDD VDDIDLFGSV TGDVDVDVDN DDDDNDDDDN DDDDDDSEED ERPTKLKNWQ LKRLAYALKA 201: GRRKTSIKNL AAEVCLDRAY VLELLRDPPP KLLMLSATLP DEKPPVAAPE NSSPDPSPVE SLSAEDVVVE PKEKVKDEAV HVMQQRWSAQ KRVKKAHIET 301: LEKVYRRSKR PTNAVVSSIV QVTNLPRKRV LKWFEDKRAE DGVPDKRAPY QAPV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)