AT1G43160.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : related to AP2 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a member of the ERF (ethylene response factor) subfamily B-4 of ERF/AP2 transcription factor family (RAP2.6). The protein contains one AP2 domain. There are 7 members in this subfamily. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
related to AP2 6 (RAP2.6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding, integrase-type (InterPro:IPR016177), Pathogenesis-related transcriptional factor/ERF, DNA-binding (InterPro:IPR001471); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Integrase-type DNA-binding superfamily protein (TAIR:AT5G61890.1); Has 6219 Blast hits to 5840 proteins in 256 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 6203; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 14 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:16263989..16264663 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21963.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 192 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVSMLTNVVS GETEPSASAT WTMGHKRERE EFSLPPQPLI TGSAVTKECE SSMSLERPKK YRGVRQRPWG KWAAEIRDPH KATRVWLGTF ETAEAAARAY 101: DAAALRFRGS KAKLNFPENV GTQTIQRNSH FLQNSMQPSL TYIDQCPTLL SYSRCMEQQQ PLVGMLQPTE EENHFFEKPW TEYDQYNYSS FG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)