AT5G01180.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : peptide transporter 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a dipeptide transporter expressed in pollen and ovules during early seed development. GFP-tagged PTR5 localizes to the plasma membrane. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
peptide transporter 5 (PTR5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site (InterPro:IPR018456), Oligopeptide transporter (InterPro:IPR000109), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: peptide transporter 1 (TAIR:AT3G54140.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:61257..63240 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63311.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 570 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEDDKDIYTK DGTLDIHKKP ANKNKTGTWK ACRFILGTEC CERLAYYGMS TNLINYLEKQ MNMENVSASK SVSNWSGTCY ATPLIGAFIA DAYLGRYWTI 101: ASFVVIYIAG MTLLTISASV PGLTPTCSGE TCHATAGQTA ITFIALYLIA LGTGGIKPCV SSFGADQFDD TDEKEKESKS SFFNWFYFVI NVGAMIASSV 201: LVWIQMNVGW GWGLGVPTVA MAIAVVFFFA GSNFYRLQKP GGSPLTRMLQ VIVASCRKSK VKIPEDESLL YENQDAESSI IGSRKLEHTK ILTFFDKAAV 301: ETESDNKGAA KSSSWKLCTV TQVEELKALI RLLPIWATGI VFASVYSQMG TVFVLQGNTL DQHMGPNFKI PSASLSLFDT LSVLFWAPVY DKLIVPFARK 401: YTGHERGFTQ LQRIGIGLVI SIFSMVSAGI LEVARLNYVQ THNLYNEETI PMTIFWQVPQ YFLVGCAEVF TFIGQLEFFY DQAPDAMRSL CSALSLTAIA 501: FGNYLSTFLV TLVTKVTRSG GRPGWIAKNL NNGHLDYFFW LLAGLSFLNF LVYLWIAKWY TYKKTTGHAL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)