AT5G18290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 ASURE: endoplasmic reticulum What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Aquaporin-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Belongs to a family of plant aquaporins.Similar to yeast and radish aquaporins. Located on ER | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SIP1;2; FUNCTIONS IN: water channel activity; INVOLVED IN: transport; LOCATED IN: endoplasmic reticulum; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: LP.04 four leaves visible, 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major intrinsic protein (InterPro:IPR000425); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: small and basic intrinsic protein 1A (TAIR:AT3G04090.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:6055198..6056407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26037.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 243 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSAVKSALGD MVITFLWVIL SATFGIQTAA IVSAVGFHGI TWAPLVISTL VVFVSISIFT VIGNVLGGAS FNPCGNAAFY TAGVSSDSLF SLAIRSPAQA 101: IGAAGGAITI MEMIPEKYKT RIGGKPSLQF GAHNGAISEV VLSFSVTFLV LLIILRGPRK LLAKTFLLAL ATVSVFVVGS KFTRPFMNPA IAFGWAYIYK 201: SHNTWDHFYV YWISSYTGAI LSAMLFRIIF PAPPLVQKKQ KKA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)