AT3G29350.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:cytosol 0.996 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description (TAIR10) | protein_coding : histidine-containing phosphotransmitter 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
Encodes AHP2, one of the six Arabidopsis thaliana histidine phosphotransfer proteins (AHPs). AHPs function in His-to-Asp phosphorelay signal transduction and as redundant positive regulators of cytokinin signaling. Members of the AHP gene family include: AT3G21510 (AHP1), AT3G29350 (AHP2), AT5G39340 (AHP3), AT3G16360 (AHP4), AT1G03430 (AHP5) and AT1G80100 (AHP6). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
histidine-containing phosphotransmitter 2 (AHP2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain (InterPro:IPR008207); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: histidine-containing phosphotransmitter 3 (TAIR:AT5G39340.1); Has 369 Blast hits to 368 proteins in 74 species: Archae - 2; Bacteria - 69; Metazoa - 0; Fungi - 28; Plants - 267; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinates (TAIR10) | chr3:-:11264379..11265408 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 17476.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 4.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 156 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDALIAQLQR QFRDYTISLY QQGFLDDQFT ELKKLQDDGS PDFVSEVLSL FFEDCVKLIS NMARALDTTG TVDFSQVGAS VHQLKGSSSS VGAKRVKTLC 101: VSFKECCEAK NYEGCVRCLQ QVDIEYKALK TKLQDMFNLE KQIIQAGGIV PQVDIN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See Also |
|
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)