AT1G27320.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : histidine kinase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a histidine kinases, a cytokinin receptor that controls cytokinin-mediated leaf longevity through a specific phosphorylation of the response regulator, ARR2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
histidine kinase 3 (HK3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Signal transduction histidine kinase, homodimeric (InterPro:IPR009082), CHASE (InterPro:IPR006189), Signal transduction histidine kinase, core (InterPro:IPR005467), ATPase-like, ATP-binding domain (InterPro:IPR003594), CheY-like (InterPro:IPR011006), Signal transduction response regulator, receiver domain (InterPro:IPR001789), Signal transduction histidine kinase, subgroup 1, dimerisation/phosphoacceptor domain (InterPro:IPR003661), Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal (InterPro:IPR004358); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: histidine kinase 2 (TAIR:AT5G35750.1); Has 124308 Blast hits to 110912 proteins in 3043 species: Archae - 772; Bacteria - 110408; Metazoa - 31; Fungi - 2185; Plants - 2022; Viruses - 28; Other Eukaryotes - 8862 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:9487780..9492027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 116380.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1036 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MSLFHVLGFG VKIGHLFWML CCWFVSWFVD NGIEDKSGLL VGSVGDLEKT KMTTLKKKNK MWFWNKISSS GLKIPSFSYQ FLGSVKFNKA WWRKLVVVWV 0101: VFWVLVSIWT FWYFSSQAME KRKETLASMC DERARMLQDQ FNVSMNHVQA MSILISTFHH GKIPSAIDQR TFSEYTDRTS FERPLTSGVA YAMRVLHSER 0201: EEFERQQGWT IRKMYSLEQN PVHKDDYDLE ALEPSPVQEE YAPVIFAQDT VSHVVSLDML SGKEDRENVL RARSSGKGVL TAPFPLIKTN RLGVILTFAV 0301: YKRDLPSNAT PKERIEATNG YLGGVFDIES LVENLLQQLA SKQTILVNVY DITNHSQPIS MYGTNVSADG LERVSPLIFG DPLRKHEMRC RFKQKPPWPV 0401: LSMVTSFGIL VIALLVAHII HATVSRIHKV EEDCDKMKQL KKKAEAADVA KSQFLATVSH EIRTPMNGVL GMLHMLMDTE LDVTQQDYVR TAQASGKALV 0501: SLINEVLDQA KIESGKLELE EVRFDLRGIL DDVLSLFSSK SQQKGVELAV YISDRVPDML IGDPGRFRQI LTNLMGNSIK FTEKGHIFVT VHLVDELFES 0601: IDGETASSPE STLSGLPVAD RQRSWENFKA FSSNGHRSFE PSPPDINLIV SVEDTGVGIP VEAQSRIFTP FMQVGPSISR THGGTGIGLS ISKCLVGLMK 0701: GEIGFSSTPK VGSTFTFTAV FSNGMQPAER KNDNNQPIFS EFRGMKAVVV DHRPARAKVS WYHFQRLGIR VEVVPRVEQA LHYLKIGTTT VNMILIEQEI 0801: WNREADDFIK KLQKDPLFLS PKLILLANSV ESSISEALCT GIDPPIVIVK PLRASMLAAT LQRGLGIGIR EPPQHKGPPA LILRNLLLGR KILIVDDNNV 0901: NLRVAAGALK KYGADVVCAE SGIKAISLLK PPHEFDACFM DIQMPEMDGF EATRRIRDME EEMNKRIKNG EALIVENGNK TSWHLPVLAM TADVIQATHE 1001: ECLKCGMDGY VSKPFEAEQL YREVSRFFNS PSDTES |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)