AT5G39340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.656 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : histidine-containing phosphotransmitter 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes AHP3, one of the six Arabidopsis thaliana histidine phosphotransfer proteins (AHPs) involved in Histidine (His)-to-Aspartate (Asp) phosphorelay signal transduction. AHPs function as redundant positive regulators of cytokinin signaling. Members of the AHP gene family include: AT3G21510 (AHP1), AT3G29350 (AHP2), AT5G39340 (AHP3), AT3G16360 (AHP4), AT1G03430 (AHP5) and AT1G80100 (AHP6). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
histidine-containing phosphotransmitter 3 (AHP3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain (InterPro:IPR008207); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: histidine-containing phosphotransmitter 2 (TAIR:AT3G29350.1); Has 358 Blast hits to 357 proteins in 69 species: Archae - 2; Bacteria - 65; Metazoa - 0; Fungi - 23; Plants - 266; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:15748941..15750248 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17480.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 155 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDTLIAQLQR RFCDFTISLY HQGFLDDQFT ELKKLQDECS PDFVAEVVTL FFEDCEKLIS NMARALDQTG NVDFKLVGSS VHQLKGSSSS VGAKRVKGLC 101: VTLKECCDSQ NYEGCVRCLQ QVDIEYKTLK AKLQDLFNLE QQIVQAGGRI PQVDI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)