AT5G59890.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : actin depolymerizing factor 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
actin depolymerizing factor 4 (ADF4) mRNA, complete cds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
actin depolymerizing factor 4 (ADF4); FUNCTIONS IN: actin binding; INVOLVED IN: defense response signaling pathway, resistance gene-dependent, defense response to bacterium; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Actin-binding, cofilin/tropomyosin type (InterPro:IPR002108); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: actin depolymerizing factor 1 (TAIR:AT3G46010.1); Has 1469 Blast hits to 1466 proteins in 267 species: Archae - 0; Bacteria - 5; Metazoa - 601; Fungi - 174; Plants - 513; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 176 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:24122545..24123596 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16035.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 139 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANAASGMAV HDDCKLRFLE LKAKRTHRFI VYKIEEKQKQ VIVEKVGEPI LTYEDFAASL PADECRYAIY DFDFVTAENC QKSKIFFIAW CPDVAKVRSK 101: MIYASSKDRF KRELDGIQVE LQATDPTEMD LDVLKSRVN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)