AT5G35680.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein; FUNCTIONS IN: RNA binding, translation initiation factor activity; INVOLVED IN: translational initiation; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), S1, IF1 type (InterPro:IPR006196), Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site (InterPro:IPR018104), Translation initiation factor 1A (eIF-1A) (InterPro:IPR001253); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein (TAIR:AT2G04520.1); Has 942 Blast hits to 942 proteins in 272 species: Archae - 307; Bacteria - 0; Metazoa - 231; Fungi - 83; Plants - 55; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 266 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:13858152..13858589 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16590.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 145 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPKNKGKGGK NRKRGKNEAD DEKRELIFKE DGQEYAQVLR MLGNGRCDVM CIDGVKRLCH IRGKMHKKVW IAAGDIILVG LRDYQDDKAD VILKYMSDEA 101: RLLKAYGELP ENTRLNEGIV GDLDDDDDVV GEDYIEFEDE DIDRI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)