AT2G31360.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : 16:0delta9 desaturase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
homologous to delta 9 acyl-lipid desaturases of cyanobacteria and acyl-CoA desaturases of yeast and mammals. expression up-regulated by cold temperature. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
16:0delta9 desaturase 2 (DS2); FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water; INVOLVED IN: oxidation reduction, lipid metabolic process; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Fatty acid desaturase, type 1, core (InterPro:IPR015876), Fatty acid desaturase, type 1 (InterPro:IPR005804); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: delta 9 desaturase 1 (TAIR:AT1G06080.1); Has 3454 Blast hits to 3454 proteins in 832 species: Archae - 0; Bacteria - 1553; Metazoa - 797; Fungi - 236; Plants - 106; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 758 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:13372121..13373546 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36377.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 307 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSVTSTVEEN HQKNPSTPAA VEEKKKRRWV FWDRRWRRLD YVKFSASFTV HSLALLAPFY FTWSALWVTF LFYTIGGLGI TVSYHRNLAH RSFKVPKWLE 101: YLLAYCALLA IQGDPIDWVS THRYHHQFTD SERDPHSPKE GFWFSHLLWI YDSAYLVSKC GRRANVEDLK RQWFYRFLQK TVLFHILGLG FFLFYLGGMS 201: FVTWGMGVGA ALEVHVTCLI NSLCHIWGTR TWKTNDTSRN VWWLSVFSFG ESWHNNHHAF ESSARQGLEW WQIDISWYIV RFFEIIGLAT DVKVPTEAQR 301: RRMAIVR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)