AT1G58340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.843 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : MATE efflux family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ZF14; FUNCTIONS IN: antiporter activity, drug transmembrane transporter activity, transporter activity; INVOLVED IN: response to nematode; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, F mature embryo stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Multi antimicrobial extrusion protein MatE (InterPro:IPR002528); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: MATE efflux family protein (TAIR:AT4G29140.1); Has 10543 Blast hits to 10463 proteins in 2002 species: Archae - 229; Bacteria - 7598; Metazoa - 148; Fungi - 324; Plants - 1321; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 923 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:21653162..21655117 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57850.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 532 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MCNSKPSSAS SSLLSCKDKT HISKLETCDT DNPHYSEFRD TDSLDLKRWP SFLEGLEEVK AIGKISGPTA MTGLLMYSRA MISMLFLGYL GELELAGGSL 101: SIGFANITGY SVISGLSMGM EPICGQAYGA KQMKLLGLTL QRTVLLLLSC SVPISFSWLN MRRILLWCGQ DEEISSVAQQ FLLFAIPDLF LLSLLHPLRI 201: YLRTQNITLP VTYSTAVSVL LHVPLNYLLV VKLEMGVAGV AIAMVLTNLN LVVLLSSFVY FTSVHSDTWV PITIDSLKGW SALLSLAIPT CVSVCLEWWW 301: YEFMIILCGL LANPRATVAS MGILIQTTAL VYVFPSSLSL GVSTRISNEL GAKRPAKARV SMIISLFCAI ALGLMAMVFA VLVRHHWGRL FTTDAEILQL 401: TSIALPIVGL CELGNCPQTT GCGVLRGCAR PTLGANINLG SFYFVGMPVA ILFGFVFKQG FPGLWFGLLA AQATCASLML CALLRTDWKV QAERAEELTS 501: QTPGKSPPLL PIASSKSRST SGTEDMMRTM LV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)