AT1G15570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CYCLIN A2;3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
A2-type cyclin. Negatively regulates endocycles and acts as a key regulator of ploidy levels in Arabidopsis endoreduplication. Interacts physically with CDKA;1. Expressed preferentially in trichomes and young developing tissues. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CYCLIN A2;3 (CYCA2;3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclin, C-terminal (InterPro:IPR004367), Cyclin (InterPro:IPR006670), G2/mitotic-specific cyclin A (InterPro:IPR015453), Cyclin-like (InterPro:IPR011028), Cyclin-related (InterPro:IPR013763), Cyclin, N-terminal (InterPro:IPR006671), Cyclin, A/B/D/E (InterPro:IPR014400); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cyclin A2;4 (TAIR:AT1G80370.1); Has 4146 Blast hits to 4144 proteins in 368 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1906; Fungi - 532; Plants - 1053; Viruses - 34; Other Eukaryotes - 621 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:5363034..5365218 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50644.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 450 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGKENAVSRP FTRSLASALR ASEVTSTTQN QQRVNTKRPA LEDTRATGPN KRKKRAVLGE ITNVNSNTAI LEAKNSKQIK KGRGHGLAST SQLATSVTSE 101: VTDLQSRTDA KVEVASNTAG NLSVSKGTDN TADNCIEIWN SRLPPRPLGR SASTAEKSAV IGSSTVPDIP KFVDIDSDDK DPLLCCLYAP EIHYNLRVSE 201: LKRRPLPDFM ERIQKDVTQS MRGILVDWLV EVSEEYTLAS DTLYLTVYLI DWFLHGNYVQ RQQLQLLGIT CMLIASKYEE ISAPRIEEFC FITDNTYTRD 301: QVLEMENQVL KHFSFQIYTP TPKTFLRRFL RAAQASRLSP SLEVEFLASY LTELTLIDYH FLKFLPSVVA ASAVFLAKWT MDQSNHPWNP TLEHYTTYKA 401: SDLKASVHAL QDLQLNTKGC PLSAIRMKYR QEKYKSVAVL TSPKLLDTLF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)