AT5G63960.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA binding;nucleotide binding;nucleic acid binding;DNA-directed DNA polymerases;DNA-directed DNA polymerases | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EMBRYO DEFECTIVE 2780 (EMB2780); FUNCTIONS IN: DNA-directed DNA polymerase activity, DNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid metabolic process, DNA replication; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA polymerase, family B (InterPro:IPR022762), DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain (InterPro:IPR006133), DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved region (InterPro:IPR006134), Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H fold (InterPro:IPR012337), DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site (InterPro:IPR017964), DNA-directed DNA polymerase, family B (InterPro:IPR006172), DNA-directed DNA polymerase, family B, pol2 (InterPro:IPR004578); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: recovery protein 3 (TAIR:AT1G67500.2); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:25599597..25606672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 123243.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1095 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MNRSGISKKR PPPSNTPPPA GKHRATGDST PSPAIGTLDD EFMMEEDVFL DETLLYGDED EESLILRDIE ERESRSSAWA RPPLSPAYLS NSQSIIFQQL 0101: EIDSIIAESH KELLPGSSGQ APIIRMFGVT REGNSVCCFV HGFEPYFYIA CPPGMGPDDI SNFHQSLEGR MRESNKNAKV PKFVKRIEMV QKRSIMYYQQ 0201: QKSQTFLKIT VALPTMVASC RGILDRGLQI DGLGMKSFQT YESNILFVLR FMVDCDIVGG NWIEVPTGKY KKNARTLSYC QLEFHCLYSD LISHAAEGEY 0301: SKMAPFRVLS FDIECAGRKG HFPEAKHDPV IQIANLVTLQ GEDHPFVRNV MTLKSCAPIV GVDVMSFETE REVLLAWRDL IRDVDPDIII GYNICKFDLP 0401: YLIERAATLG IEEFPLLGRV KNSRVRVRDS TFSSRQQGIR ESKETTIEGR FQFDLIQAIH RDHKLSSYSL NSVSAHFLSE QKEDVHHSII TDLQNGNAET 0501: RRRLAVYCLK DAYLPQRLLD KLMFIYNYVE MARVTGVPIS FLLARGQSIK VLSQLLRKGK QKNLVLPNAK QSGSEQGTYE GATVLEARTG FYEKPIATLD 0601: FASLYPSIMM AYNLCYCTLV TPEDVRKLNL PPEHVTKTPS GETFVKQTLQ KGILPEILEE LLTARKRAKA DLKEAKDPLE KAVLDGRQLA LKISANSVYG 0701: FTGATVGQLP CLEISSSVTS YGRQMIEQTK KLVEDKFTTL GGYQYNAEVI YGDTDSVMVQ FGVSDVEAAM TLGREAAEHI SGTFIKPIKL EFEKVYFPYL 0801: LINKKRYAGL LWTNPQQFDK MDTKGIETVR RDNCLLVKNL VTESLNKILI DRDVPGAAEN VKKTISDLLM NRIDLSLLVI TKGLTKTGDD YEVKSAHGEL 0901: AERMRKRDAA TAPNVGDRVP YVIIKAAKGA KAYERSEDPI YVLQNNIPID PNYYLENQIS KPLLRIFEPV LKNASKELLH GSHTRSISIT TPSNSGIMKF 1001: AKKQLSCVGC KVPISNGTLC ASCKGREAEL YCKNVSQVAE LEEVFGRLWT QCQECQGSLH QDVLCTSRDC PIFYRRMKAQ KDMAVARQQL DRWSF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)