AT5G22750.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA/RNA helicase protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
DNA repair gene. gamma-radiation hypersensitive (RAD5) involved in stable transformation and T-DNA transfer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RAD5; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: DNA mediated transformation; EXPRESSED IN: embryo, sperm cell, seed; EXPRESSED DURING: E expanded cotyledon stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021), HIP116, Rad5p N-terminal (InterPro:IPR014905), SNF2-related (InterPro:IPR000330); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Helicase protein with RING/U-box domain (TAIR:AT5G43530.1); Has 27107 Blast hits to 18179 proteins in 1771 species: Archae - 108; Bacteria - 7266; Metazoa - 8140; Fungi - 5089; Plants - 2446; Viruses - 173; Other Eukaryotes - 3885 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:7565374..7570871 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 114293.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1029 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MGTKVSDDLV STVRSVVGSD YSDMDIIRAL HMANHDPTAA INIIFDTPSF AKPDVATPTP SGSNGGKRVD SGLKGCTFGD SGSVGANHRV EEENESVNGG 0101: GEESVSGNEW WFVGCSELAG LSTCKGRKLK SGDELVFTFP HSKGLKPETT PGKRGFGRGR PALRGASDIV RFSTKDSGEI GRIPNEWARC LLPLVRDKKI 0201: RIEGSCKSAP EALSIMDTIL LSVSVYINSS MFQKHSATSF KTASNTAEES MFHPLPNLFR LLGLIPFKKA EFTPEDFYSK KRPLSSKDGS AIPTSLLQLN 0301: KVKNMNQDAN GDENEQCISD GDLDNIVGVG DSSGLKEMET PHTLLCELRP YQKQALHWMT QLEKGNCTDE AATMLHPCWE AYCLADKREL VVYLNSFTGD 0401: ATIHFPSTLQ MARGGILADA MGLGKTVMTI SLLLAHSWKA ASTGFLCPNY EGDKVISSSV DDLTSPPVKA TKFLGFDKRL LEQKSVLQNG GNLIVCPMTL 0501: LGQWKTEIEM HAKPGSLSVY VHYGQSRPKD AKLLSQSDVV ITTYGVLTSE FSQENSADHE GIYAVRWFRI VLDEAHTIKN SKSQISLAAA ALVADRRWCL 0601: TGTPIQNNLE DLYSLLRFLR IEPWGTWAWW NKLVQKPFEE GDERGLKLVQ SILKPIMLRR TKSSTDREGR PILVLPPADA RVIYCELSES ERDFYDALFK 0701: RSKVKFDQFV EQGKVLHNYA SILELLLRLR QCCDHPFLVM SRGDTAEYSD LNKLSKRFLS GKSSGLEREG KDVPSEAFVQ EVVEELRKGE QGECPICLEA 0801: LEDAVLTPCA HRLCRECLLA SWRNSTSGLC PVCRNTVSKQ ELITAPTESR FQVDVEKNWV ESSKITALLE ELEGLRSSGS KSILFSQWTA FLDLLQIPLS 0901: RNNFSFVRLD GTLSQQQREK VLKEFSEDGS ILVLLMSLKA GGVGINLTAA SNAFVMDPWW NPAVEEQAVM RIHRIGQTKE VKIRRFIVKG TVEERMEAVQ 1001: ARKQRMISGA LTDQEVRSAR IEELKMLFT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)