AT5G63920.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : topoisomerase 3alpha | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes topoisomerase 3alpha. Suppresses somatic crossovers. Essential for resolution of meiotic recombination intermediates. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
topoisomerase 3alpha (TOP3A); FUNCTIONS IN: DNA topoisomerase activity, DNA topoisomerase type I activity, DNA binding, zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: in 7 processes; LOCATED IN: chromosome; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA topoisomerase, type IA, zn finger (InterPro:IPR013498), DNA topoisomerase, type IA, core (InterPro:IPR000380), DNA topoisomerase, type IA, domain 2 (InterPro:IPR003601), DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding (InterPro:IPR003602), DNA topoisomerase, type IA, central (InterPro:IPR013497), Zinc finger, GRF-type (InterPro:IPR010666), DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 (InterPro:IPR013826), Toprim domain, subgroup (InterPro:IPR006154), DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 (InterPro:IPR013824), Toprim domain (InterPro:IPR006171), Zinc finger, CCHC-type (InterPro:IPR001878); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNA topoisomerase, type IA, core (TAIR:AT2G32000.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:25574533..25581230 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 103413.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 926 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSRRGGGPVT VLNVAEKPSV AKSVAGILSR GTFRTREGRS RYNKIFEFDY AINGQPCRML MTSVIGHLME LEFADRYRKW HSCDPADLYQ APVMKHVPED 101: KKDIKKTLEE EARKSDWLVL WLDCDREGEN IAFEVVDVCR AVKHNLFIRR AHFSALIDRD IHEAVQNLRD PNQLFAEAVD ARQEIDLRIG ASFTRFQTML 201: LRDRFAIDST GEERSRVISY GPCQFPTLGF IVERYWEIQA HEPEEFWTIN CSHQSEEGLA TFNWMRGHLF DYASAVILYE MCVEEPTATV MNVPHPRERF 301: KYPPYPLNTI ELEKRASRYF RLSSEHTMKV AEELYQAGFI SYPRTETDSF SSRTDLRAMV EEQTRHPAWG SYAQRLLEPE GGLWRNPANG GHDDKAHPPI 401: HPTKFSSGES NWSRDHLNVY ELVVRHYLAC VSQPAVAAET TVEIDIAGER FSASGRAILA KNYLEVYRFE SWGGSVIPVY EKGQQFIPTT LTLDAAVTRP 501: PPLLCEADLL SCMDKAGIGT DATMHDHIKK LLDRGYATKD ANTRFSPTNL GEALVMGYDD MGYELWKPNL RALMEHDMNE VSVGRKTKAE VLETCLQQMK 601: ACFLDARVKK SKLLEAMTIF FERSNNTDES ESQTAGEVVR RCNLCNESDM ALRKNRDGNF MVGCMNYPQC RNAVWLPGPT LEASVTTNVC QSCGPGPVYK 701: ILFKFRQIGI PPGFDVNHLG CVGGCDDILK QLIDICGTGS RSQARRTPGT APSNNIQGSN TRQSNVCIHC QQRGHASTNC PSRVPASRNS RPTATNPRND 801: ESTVSCNTCG SQCVLRTANT EANRGRQFFS CPTQGCSFFA WEDSINNSSG NATTGSNSGG SGRRGSRGRG RGGRGGQSSG GRRGSGTSFV SATGEPVSGI 901: RCFSCGDPSH FANACPNRNN SNGNYF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)