AT4G13510.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ammonium transporter 1;1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a plasma membrane localized ammonium transporter. Contains a cytosolic trans-activation domain essential for ammonium uptake. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ammonium transporter 1;1 (AMT1;1); FUNCTIONS IN: ammonium transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: ammonium transport, transport, protein polymerization, response to karrikin; LOCATED IN: nucleus, plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ammonium transporter (InterPro:IPR001905), Ammonium transporter, conserved site (InterPro:IPR018047); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ammonium transporter 1;3 (TAIR:AT3G24300.1); Has 11619 Blast hits to 11599 proteins in 2072 species: Archae - 224; Bacteria - 4688; Metazoa - 462; Fungi - 431; Plants - 505; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5309 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:7858220..7859725 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53579.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 501 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSCSATDLAV LLGPNATAAA NYICGQLGDV NNKFIDTAFA IDNTYLLFSA YLVFSMQLGF AMLCAGSVRA KNTMNIMLTN VLDAAAGGLF YYLFGYAFAF 101: GSPSNGFIGK HYFGLKDIPT ASADYSNFLY QWAFAIAAAG ITSGSIAERT QFVAYLIYSS FLTGFVYPVV SHWFWSVDGW ASPFRTDGDL LFSTGAIDFA 201: GSGVVHMVGG IAGLWGALIE GPRLGRFDNG GRAIALRGHS ASLVVLGTFL LWFGWYGFNP GSFNKILVTY ETGTYNGQWS AVGRTAVTTT LAGCTAALTT 301: LFGKRLLSGH WNVTDVCNGL LGGFAAITGG CSVVEPWAAI ICGFVAALVL LGCNKLAEKL KYDDPLEAAQ LHGGCGAWGL IFTALFAQEK YLNQIYGNKP 401: GRPHGLFMGG GGKLLGAQLI QIIVITGWVS ATMGTLFFIL KKMKLLRISS EDEMAGMDMT RHGGFAYMYF DDDESHKAIQ LRRVEPRSPS PSGANTTPTP 501: V |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)