AT3G55740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : proline transporter 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a proline transporter with affinity for gly betaine, proline, and GABA. Protein is expressed most highly in the roots. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
proline transporter 2 (PROT2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Amino acid transporter, transmembrane (InterPro:IPR013057); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: proline transporter 1 (TAIR:AT2G39890.2); Has 1444 Blast hits to 1438 proteins in 147 species: Archae - 0; Bacteria - 3; Metazoa - 114; Fungi - 146; Plants - 1153; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 28 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20695786..20698157 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48088.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 439 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDTSEARNRK VVAVEQFDLE VPETAHQISS DSWFQVAFVL TTGINSAYVL GYSGTVMVPL GWIGGVVGLI LATAISLYAN TLIAKLHEFG GKRHIRYRDL 101: AGFIYGKKMY RVTWGLQYVN LFMINCGFII LAGSALKAVY VLFRDDSLMK LPHFIAIAGV VCAIFAIGIP HLSALGIWLG VSTILSIIYI IVAIVLSAKD 201: GVNKPERDYN IQGSSINKLF TITGAAANLV FAFNTGMLPE IQATVKQPVV KNMMKALYFQ FTVGVLPMYA VTFIGYWAYG SSTSTYLLNS VSGPVWVKAL 301: ANISAFLQSV ISLHIFASPT YEYMDTKYGV KGSPLAMKNL LFRTVARGSY IAVSTLLSAL LPFLGDFMSL TGAISTFPLT FILANHMYLV AMNDELSLVQ 401: KLWHWLNVCF FGLMSLAAAI AAVRLISVDS KNFHVFADV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)