AT3G51040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.823 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RTE1-homolog | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein of 231 amino acids with 51% identity to RTE1 over 209 amino acids. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RTE1-homolog (RTH); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF778 (InterPro:IPR008496); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein of unknown function (DUF778) (TAIR:AT2G26070.1); Has 294 Blast hits to 294 proteins in 109 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 125; Fungi - 0; Plants - 94; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 75 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:18952281..18953060 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26162.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 231 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGETATDSEH RMMIGLSDPM KIDPKRDRFP CCIVWTPLPF ISWLVPFIGH VGICREDGVI LDFAGPNFVC VDNFAFGAVS RYIQINKEME SSRSSSSGMF 101: NGERRYEQEE DSHEKEPTWD DALRKSTQEY QHHSYNILTC NCHSFVANNL NRLSIKSGGW NVVNLATLVL FKGRWVNKTA IVKSLLPPLI VYTIGILLGG 201: WTFIASCSIL VVLLTGWFII GTYCFKKLIQ L |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)