AT3G54840.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.902 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ras-related small GTP-binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a novel Rab-like GTP-ase that is localized to the peripheral membrane of the endosome. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ARA6; FUNCTIONS IN: GTP binding, GTPase activity; INVOLVED IN: early endosome to late endosome transport, N-terminal protein myristoylation; LOCATED IN: endosome, external side of endosome membrane, early endosome; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Small GTPase (InterPro:IPR020851), Ras (InterPro:IPR013753), Ras small GTPase, Rab type (InterPro:IPR003579), Rab5-related (InterPro:IPR015599); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ras-related small GTP-binding family protein (TAIR:AT4G19640.1); Has 26142 Blast hits to 26098 proteins in 715 species: Archae - 24; Bacteria - 131; Metazoa - 13692; Fungi - 3685; Plants - 2883; Viruses - 20; Other Eukaryotes - 5707 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20318597..20320782 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21890.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 202 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGCASSLPDR NSGTLSGLSN SENAVPADAK NLRVKLVLLG DSGVGKSCIV LRFVRGQFDA TSKVTVGASF LSQTIALQDS TTVKFEIWDT AGQERYSALA 101: PLYYRGAGVA VIVYDITSPE SFKKAQYWVK ELQKHGSPDI VMALVGNKAD LHEKREVPTE DGMELAEKNG MFFIETSAKT ADNINQLFEE IGKRLPRPAP 201: SS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)