AT5G20270.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : heptahelical transmembrane protein1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
heptahelical transmembrane protein homologous to human adiponectin receptors and progestin receptors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
heptahelical transmembrane protein1 (HHP1); FUNCTIONS IN: receptor activity; INVOLVED IN: response to salt stress, response to hormone stimulus, response to sucrose stimulus; LOCATED IN: integral to membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Hly-III related (InterPro:IPR004254); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: heptahelical transmembrane protein2 (TAIR:AT4G30850.2); Has 2727 Blast hits to 2656 proteins in 794 species: Archae - 0; Bacteria - 1143; Metazoa - 823; Fungi - 356; Plants - 236; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 169 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:6841025..6842656 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37879.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 332 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDQNGHNDEA ETVSCGNGNC KSKIVPGDDH GGDESSGTKR RKKRKTQQKT MKRRELMSYC ELPEYMKDNE YILNYYRADW SIRDAFFSVF SFHNESLNVW 101: THLIGFIFFV ALTVANIIHH DGFFPVDAKS PGNVTRWPFF VFLGGSMFCL LASSICHLFC CHSKELNVFL LRIDYAGITA MIITSFFPPI FYIFQCTPRW 201: YFIYLAGITS MGIFTIITLF TPSLSAPKYR AFRALLFASM GLFGIVPAAH ALVVNWGNPQ RNVTLVYELL MAVFYLVGTG FYVGRVPERL KPGWFDRVGH 301: SHQIFHVFVL LGALSHYAAA LLFLDWRDHV GC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)