AT4G14440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.677 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a cytosolic delta3, delta2-enoyl CoA isomerase, involved in unsaturated fatty acid degradation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 1 (HCD1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Crotonase, core (InterPro:IPR001753); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: indole-3-butyric acid response 10 (TAIR:AT4G14430.1); Has 14429 Blast hits to 14428 proteins in 1575 species: Archae - 280; Bacteria - 10321; Metazoa - 775; Fungi - 259; Plants - 265; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2529 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:8306946..8307662 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25597.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 238 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MCTLEKRGDL FLLTLTGEDE HRFHPDTIAS VLSLLEQAKS QSTKGSVLIT TGHGKFFSNG FDLAWAQSAG HGAIKRMHQM VKSFKPVLAA LLDLPMPTIA 101: ALNGHAAASG LMFALSHDYV FMRKDRGVLY MSEVDIGLPV PDYFSALVVA KVGSGIARRE LLLSGKKLKG EEAVALGIVD SAAHDSAEGV VEATVSLGES 201: LAAKKWNGEV YATIRKSLYP ELCRMVDLTA NNLATHNL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)