AT3G28730.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : high mobility group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a component of the FAcilitates Chromatin Transcription (FACT) complex, SSRP1. Along with STP16 binds to the promoter of FLC. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
high mobility group (HMG); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Structure-specific recognition protein (InterPro:IPR000969), High mobility group, superfamily (InterPro:IPR009071), High mobility group, HMG1/HMG2 (InterPro:IPR000910); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: high mobility group B1 (TAIR:AT3G51880.2); Has 8066 Blast hits to 7188 proteins in 653 species: Archae - 0; Bacteria - 14; Metazoa - 5623; Fungi - 822; Plants - 671; Viruses - 15; Other Eukaryotes - 921 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:10784954..10788498 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71649.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 646 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADGHSFNNI SLSGRGGKNP GLLKINSGGI QWKKQGGGKA VEVDRSDIVS VSWTKVTKSN QLGVKTKDGL YYKFVGFRDQ DVPSLSSFFQ SSYGKTPDEK 101: QLSVSGRNWG EVDLHGNTLT FLVGSKQAFE VSLADVSQTQ LQGKNDVTLE FHVDDTAGAN EKDSLMEISF HIPNSNTQFV GDENRPPSQV FNDTIVAMAD 201: VSPGVEDAVV TFESIAILTP RGRYNVELHL SFLRLQGQAN DFKIQYSSVV RLFLLPKSNQ PHTFVVISLD PPIRKGQTMY PHIVMQFETD TVVESELSIS 301: DELMNTKFKD KLERSYKGLI HEVFTTVLRW LSGAKITKPG KFRSSQDGFA VKSSLKAEDG VLYPLEKGFF FLPKPPTLIL HDEIDYVEFE RHAAGGANMH 401: YFDLLIRLKT DHEHLFRNIQ RNEYHNLYTF ISSKGLKIMN LGGAGTADGV AAVLGDNDDD DAVDPHLTRI RNQAADESDE EDEDFVMGED DDGGSPTDDS 501: GGDDSDASEG GVGEIKEKSI KKEPKKEASS SKGLPPKRKT VAADEGSSKR KKPKKKKDPN APKRAMSGFM FFSQMERDNI KKEHPGIAFG EVGKVLGDKW 601: RQMSADDKEP YEAKAQVDKQ RYKDEISDYK NPQPMNVDSG NDSDSN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)