AT3G15970.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NUP50 (Nucleoporin 50 kDa) protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
NUP50 (Nucleoporin 50 kDa) protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: intracellular transport; LOCATED IN: nuclear pore; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ran binding protein 1 (InterPro:IPR000156), Pleckstrin homology-type (InterPro:IPR011993), Nuclear pore complex, NUP2/50/61 (InterPro:IPR015007); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NUP50 (Nucleoporin 50 kDa) protein (TAIR:AT1G52380.1); Has 4078 Blast hits to 2719 proteins in 441 species: Archae - 18; Bacteria - 1103; Metazoa - 1379; Fungi - 710; Plants - 228; Viruses - 8; Other Eukaryotes - 632 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:5408982..5410379 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49110.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 465 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGDSDNAIPF SRKRTALKEL SRDNPGLDDD DEDTSALESG TFNTASKEVL ASRRIIRVRR TDRSATAPPA SNPFTGIRLV PFTAPAPSTA AAETTKPLSA 101: GKQETLADGR SDATKETDGD SKEKSDAIDA VGKQETQGDE ISAKTKDIID GGEKEMSEAV NSVEGGGAVN KNEDEIKTTM VTEVAAGEET VKDDNNNSNT 201: VEGSDCVVKD TGGNQTEKEG KEGDGNEDTE KNGDSGALSS FHQHSSSKNA FTGLASTGFS ASSFSFGLVP QEGSTGSGSE QSSFSFGQAN NGNSSLFGAS 301: VATSITTKST ETTTAFPSKQ DVSVETGEEN EKAAFTADSV MFEYLEGGWK ERGKGELKVN ISTTENRKAR LVMRSKGNYR LTLNASLYPE MKLAKMDKKG 401: ITFACVNSVS DAKDGLSTLA LKFKDPTVVE EFRAVIEEHK DSKPSVAEAA APLKTPENSP SAEDA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)