AT5G47680.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase (InterPro:IPR016009), tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, metazoa (InterPro:IPR016653), tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, eukaryotic (InterPro:IPR007356); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:19316329..19317467 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39508.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 344 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAATGNDDN GCFDKPESEP APVNVSPPLS KNAQKKQLKQ QRYEAKKAEK KAQEKEHKRK EGERKLKEWE ETLANATEEE RLKLIESRKS LRKERMEKRS 101: EEKEKKIERL NQAKEIGQKI VVDVDFAHLM SESEISSLVQ QIMYCYAVNG RSTSPCHLWL TGVQGKMSTE LDKLPGFEKW FIEKESRCYI EAMADQKDNL 201: VYLTADSETV LDDLDPKHIY IIGGLVDRNR FKGITMTKAQ EQGIKTAKLP IGEYMKMSSS QVLTVNQVLE ILVKFLETRD WKTAFFTVIP QRKRTGLDPV 301: DCSKLEHISE EHQEKDTEAN ESADKHDLLE RKKVCVEVPL ESSS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)