AT4G10710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : global transcription factor C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a component of the FAcilitates Chromatin Transcription (FACT) complex, SPT16.Along with SSRP1 binds to the promoter of FLC. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
global transcription factor C (SPT16); INVOLVED IN: vegetative to reproductive phase transition of meristem; LOCATED IN: nuclear euchromatin, FACT complex, nucleolus, nucleus; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Domain of unknown function DUF1747, eukaryote (InterPro:IPR013719), Peptidase M24, structural domain (InterPro:IPR000994), FACT complex subunit Spt16p/Cdc68p (InterPro:IPR013953); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GTC2 (TAIR:AT4G10670.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:6602226..6605450 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 120592.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1074 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MADSRNGNAR APPSGVPPKA GNTYSIDVKN FISRARALYE HWKKHSADLW GSADALAIAT PPASDDLRYL KSSALNIWLL GYEFPDTIMV FTKKQIHFLC 0101: SRNKASLLEV VKKPAHDELK LDVIMHVKPK GDDGTGLMDA IFRAIRDLSR GDGNDSQVVG HIAREAPEGK LLETWTERLK NANFQFVDIT GGLSDLFAVK 0201: DDTEVMSVKK AAYLAYSVMK NVVVPNLESA IDEEKDVTHS ALMDLTEKAI LEPTKASVKL KPENVDICYP PIFQSGGKFD LKPSAASNDE LLTYDPASII 0301: ICAVGARYNS YCSNVARTYL IDATSLQSKA YEVLLKAHEA AIDALRSGRK INTVYQAALS VVEKNAPEFV DKLTKSAGTG IGLEFRESGL NINAKNDKVL 0401: RPKMAFNVSL GFQNLECESE SRSKNKKFSL LLADTVLVTD QKPELLTKCS KSVKDVAYSF KEDEEEEKPR KKARTSGSEN YITKTALRSD DHVVSKEELR 0501: KQHQAELARQ KNEETARRLA GDSSGAGDSR STAKTSADVV AYKNVNDMPH KELMIQVDTR NEAVLLPIYG SLVPFHVATI RTVSGNQDTN RNCYIRIIFN 0601: VPGTPFNPHD SNSLKNQGAI YLKEVSFRTK DSRHSSEVTQ QIKTLRRQVM ARESERAERA TLVTQEKLQL AGNKFKPLRL SELWIRPPFS GRKKIPGTLE 0701: AHANGFRYST TRPDERVDVL FANIKHAFFQ PAEKEMITLL HFHLHNHIMV GTKKTKDVQF YVEVMDVVQS LGGGRRSAYD PDEIDEEQRE RDRKNKINMD 0801: FNHFANRVND MWQLPQFASL DLEFDQPLRE LGFHGVPHKT SAFIIPTSSC LVELIEYPFL VVSLSEIEIV NLERVGFGQK NFDMAIIFKD FKKDVLRVDS 0901: VPTSSLEGIK EWLDTTDIKY YESKLNLNWR QILKTITDDP QSFIDDGGWE FLNLDGSDSE SGGSEESDKG YEPSDVEVES ESEDEASESE SLVESDDDEE 1001: EDSEQESEEE KGKTWDELER EATNADREHG VESDSEEERK RRKMKAFGKS RPGTSGGGGS SSMKNMPPSK RKHR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)